Banerjee được sinh ra ở Mumbai, Ấn Độ,[10][11][12][13] mẹ là Nirmala Banerjee (nhũ danh Patankar), một người Marathi Hindu[14][15] và là giáo sư kinh tế học tại Trung tâm nghiên cứu khoa học xã hội, Calcutta,[16] và Dipak Banerjee, một giáo sư Hindu Bengal và là người đứng đầu Khoa Kinh tế tại Presidency College, Calcutta.[17]

Anh học ở trường South Point High School, một tổ chức giáo dục nổi tiếng ở Kolkata. Sau khi đi học, anh ấy đã được nhận vào Đại học Calcutta tại Presidency College, Kolkata nơi anh đã hoàn thành bằng cử nhân kinh tế của mình vào năm 1981. Sau đó, anh ấy đã hoàn thành bằng thạc sĩ kinh tế tại Đại học Jawaharlal Nehru, Delhi năm 1983.[18] Trong những ngày ở JNU, anh ta đã bị bắt và bỏ tù tại Tihar Jail trong một cuộc phản kháng sau khi các sinh viên 'gherao' Phó hiệu trưởng PN Srivastava của JNU. Anh được tại ngoại và các khoản phí đã được giảm xuống đối với các sinh viên.[19][20][21] Sau đó, anh tiếp tục lấy bằng tiến sĩ. về Kinh tế tại Đại học Harvard năm 1988.[7] Chủ đề của luận án tiến sĩ của ông là "Tiểu luận về Kinh tế Thông tin".[22]